La permanente actividad de la Reina Isabel, sus continuos viajes a caballo a través del reino, la falta de reposo para recuperarse de sus dolencias físicas y espirituales y los muchos disgustos familiares, habían llevado a Isabel a una situación de postración, afectando a su corazón de modo importante, de tal modo que precisaba unas largas vacaciones para recuperarse de sus múltiples dolencias, pero la Reina consciente de sus obligaciones en la gobernación del reino, pensaba que sus deberes estaban muy por encima de su salud corporal y espiritual.
Ordena las honras fúnebres sean sencillas, sin colgaduras ni demasiadas velas, y que lo que había de gastarse en esos lujos funerarios se aplique en ayudar a los pobres. Pide también que se paguen todas sus deudas, y del resto que se apliquen un millón de maravedíes para dotar a jóvenes pobres en su matrimonio, y otro millón para los que deseen consagrarse a la vida religiosa. También dispone otras cantidades para rescatar cautivos.
Ordena que se la entierre en el convento de San Francisco de Granada, ciudad recuperada para la cristiandad gracias ella, y a la que tiene particular cariño. Vestida con hábito franciscano, que se haga sepultura a ras de tierra, cubierta sólo con una losa sencilla, sin ningún tipo de mausoleo. Añade con su natural respeto y a mor a su esposo: Pero quiero e mando, que si el Rey mi Señor eligiese sepultura en otra cualquiera iglesia o monasterio de cualquiera otra parte o lugar destos mis reinos, que mi cuerpo de su señoría, porque el ayuntamiento que tuvimos viviendo, e que nuestras ánimas espero en la misericordia de Dios, tendrán en el Cielo, lo tenga e representen nuestros cuerpos en el suelo.
